C’est en 1979 que Jean-Paul II se rend pour la première fois en Amérique Latine à l’occasion de la conférence des évêques. Le dialogue ne pouvait pas être plus difficile entre ce pape qui a grandi de l’autre côté du rideau de fer et la majorité du clergé d’Amérique latin. Au centre de la polémique : la place du marxisme : pour les uns c’est un facteur de libération, pour le Pape un facteur d’asservissement.

Si JP II soutient l’engagement du clergé auprès des plus pauvres, il condamne fermement le recours à la théologie de la libération. Dès les premières années de son pontificat il confirme cette orientation en remplaçant les cadres du Clergé en place par d’autres plus conservateurs. De son côté, il continue à partir à la rencontre des oubliés du continent.